Mayoritas petani di Indonesia membudidayakan buah kopi yang berjenis kopi robusta (Coffea canephora) dan kopi arabika (Coffea arabica). Kedua jenis kopi ini diklaim cocok ditanam di Nusantara karena mudah beradaptasi dengan lingkungan, produktifitasnya tinggi, serta tahan terhadap serangan hama dan penyakit. Meskipun harganya cenderung rendah, namun komoditi kopi robusta lebih unggul dibandingkan dengan kopi arabika.
Buah kopi tersusun atas empat lapisan yang saling menyatu satu sama lain. Di antaranya meliputi epikarp, mesokarp, endokarp, dan embrio. Bagian-bagian ini akan terlihat lebih jelas ketika buah kopi dipotong secara membujur.
- Epikarp merupakan lapisan kulit buah kopi. Warna epikarp berubah menurut tingkat kematangannya mulai dari hijau, hijaut tua, kuning, kuning kemerahan, dan merah.
- Mesokarp merupakan lapisan daging buah kopi yang bertekstur lunak. Karena berlendir, beberapa orang juga menyebutnya sebagai lapisan lendir.
- Endokarp merupakan lapisan cangkang buah kopi. Ini adalah lapisan buah paling keras yang melindungi inti kopi.
- Nukleus merupakan lapisan inti kopi. Di dalamnya terkandung sel embrio sebagai perkembangbiakan generatif.
Buah kopi termasuk buah sejati tunggal artinya buah ini tumbuh dari satu bunga kopi yang memiliki satu bakal buah. Satu buah kopi mempunyai dua ruang sehingga mampu menghasilkan dua biji sekaligus. Rata-rata ukuran biji kopi robusta yaitu 8-16 mm, sedangkan biji kopi arabika berukuran 12-18 mm.
Biji kopi berbentuk datar pada satu sisi dan cembung pada sisi yang lainnya. Bagian yang datar disebut perut, sementara bagian biji yang cembung disebut punggung. Sedangkan biji kopi yang berbentuk bulat memanjang dinamakan biji lanangan.
Berdasarkan sumber Elias yang diterbitkan pada 1979, daging buah kopi mengandung pektin 35,8 persen, gula 45,8 persen, serta selulosa dan abu 17,0 persen. Pengolahan biji kopi menjadi kopi bubuk menyisakan limbah berupa cangkang kulit kopi. Beberapa petani memanfaatkan limbah tersebut sebagai ransum tambahan untuk pakan ternak.
